Nella chiesa si verifica ciò da quasi tre secoli viene considerato dai credenti e dalle autorità religiose un “miracolo eucaristico” permanente. Si tratta della prodigiosa conservazione contro ogni legge naturale di ben 223 ostie consacrate.

Queste particole facevano parte di quelle trafugate la notte del 14 agosto 1730 da certi ladri, che volevano impadronirsi della pisside argentea che le conteneva. A seguito delle preghiere dei fedeli, le ostie ricomparvero due giorni dopo in una cassetta per elemosine nella vicina chiesa di Santa Maria in Provenzano, forse restituite o forse riapparse per volontà divina.

Le ostie vennero accuratamente ripulite e riportate nella chiesa di San Francesco, ma non vennero consumate, in considerazione della particolare partecipazione popolare dimostrata nelle circostanze.

Con il passare del tempo i frati si accorsero che le particole non mostravano alcun segno di alterazione come sarebbe stato naturale aspettarsi. Così intatte si sono mantenute per quasi tre secoli e sono diventate oggetto di una particolare devozione popolare.

Il mistero della conservazione non è stato svelato nemmeno dalle analisi scientifiche che sono state eseguite più volte.

L’ultima verifica è stata eseguita nel giugno del 1914. Il presidente della commissione scientifica inquirente, professor Giuseppe Toniolo, ottenne il permesso di potersi comunicare con una di queste ostie prodigiose. Dichiarò poi che il sapore della particola sarebbe stato quello ottenuto da una cottura freschissima.