La chiesa, anticamente chiamata “Santa Maria Egizia”, venne eretta sulle rovine di un preesistente edifico nel quartiere siriano, formatosi nella città conseguentemente alla diaspora dai territori mediorientali di persone di stirpe francese.

Nella chiesa era conservata la statua di una Madonna Nera che, fino da tempi remoti, avrebbe operato miracoli di guarigione.

Secondo certe tradizioni che non trovano alcuna conferma storica, ma non per questo meno suggestive ed inquietanti, la chiesa di Santa Maria dei Miracoli sarebbe stata una delle sedi privilegiate del cosiddetto “Priorato di Sion”, la misteriosa organizzazione sorta per portare al comando del mondo fino ad allora conosciuto i presunti discendenti della dinastia di Cristo.

Nella chiesa, infatti, si sarebbe riunita periodicamente una parte dei membri del Priorato, in totale 40 membri.

Altri 22 si sarebbero riuniti nella chiesa di Saint Sanson di Orléans, altri 26 a Saint Jean le Blanc, e gli ultimi 7 nella casa dell'Ordine del Tempio di Parigi.

Una leggenda locale narra che in questa chiesa di Orléans, città da lei appena liberata dagli Inglesi nel 1429, Giovanna d'Arco avesse ricevuto le ultimi visioni dell'arcangelo Michele, e che la Vergine Nera le avesse parlato in più di una occasione, preconizzandole la morte sul rogo.

Inoltre sono moltissime le testimonianze - ben 138, dalle origini della chiesa fino al 1945, analiticamente documentate nel libro “Notre Dame des Miracles” di padre Eugéne Delahaye - di prodigi operati dalla Madonna Nera di Orléans. Accanto al culto mariano, nella chiesa è anche presente la devozione robusta per Santa Maria Maddalena che, anche secondo alcune leggende sviluppatesi nella città in epoca medievale, sarebbe stata la sposa di Gesù.