Non si conosce con precisione quando la chiesa di San Pietro sia stata costruita, ma doveva essere esistente già nell'anno 1000, se i signorotti locali Ugo da Mezone ed Amezzone da Morigo facevano donazione nell'aprile del 1037 di terre alla chiesa, già gestita da una comunità di monaci benedettini situata in vetta al Conero, il monte che domina la riviera marittima nel territorio a sud di Ancona.

Questo è il primo documento che attesta la presenza del sacro edificio, che doveva essere situato all'interno di una selva di vegetazione mediterranea, che peraltro esiste parzialmente anche oggi. Il paesaggio che si ammira dalla sommità del Conero è particolarmente coinvolgente ma, ancora di più, riesce a rendere l'ambiente carico di mistiche suggestioni. L'edificio benedettino di San Pietro possiede tre navate divise da colonne cilindriche. Nel diciassettesimo e diciottesimo secolo e' stato restaurato ampiamente, in parte trasformato nelle architetture. Interventi di consolidamento edilizio sono stati eseguiti nell'ultimo ventennio che hanno portato l'edificio ai fasti dell'antico splendore romanico.

Ma oltre alla architettura, che sembra possedere evocazioni di stilemi normanni, un interesse speciale è fornito dai capitelli delle colonne che dividono le navate e quelli del chiostro. In essi sono raffigurati l'impegno e la spiritualità dei monaci benedettini, l'ascesa verso Cristo attraverso la costante rinuncia e le prove della vita, attraverso la vigilanza morale e il dominio di se stessi: in sostanza, la vita umana illuminata dallo Spirito Santo che giuda l'itinerario della mente alla ricerca del sommo bene divino.

Il percorso delle figure allegoriche, che assumono aspetti di valore iniziatico, inizia dal capitello della colonna posta a sinistra dell'ingresso della chiesa e termina con l'ultimo di destra, situato all'entrata dell'antico chiostro. E' un percorso in senso orario che passa attraverso le colonne delle navate. In particolare, quelle della navata centrale richiamano la necessità di scoprire il disegno che Iddio riserva per l'umanità, quelle della navata di sinistra evocano i rapporti tra l'uomo e il soprannaturale mentre quelle della destra esaltano i rapporti esistenti tra gli uomini timorati di Dio. In un capitello della cripta è figurata una croce patente in stile bizantino. L'immagine richiama la presenza di una figura crucica del tutto simile all'interno della cosiddetta “grotta dell'abate”, una cavità naturale già abitata da  eremiti situata lungo le pendici calcaree del monte.

Tra gli avvenimenti di riguardo che si verificarono nel luogo, è da ricordare l'incendio, si ritiene doloso, che devastò l'intero complesso monacale. Ci vollero alcuni decenni per mettere mano al rifacimento della chiesa e del piccolo monastero adiacente. A San Pietro al Conero soggiornò per oltre un decennio il beato monaco Gerolamo Ginelli, persona mistica già al tempo assai venerata nel territorio anconetano, insieme a suo fratello Angelo. E' tradizione che avesse compiuto prodigi di guarigione fisica e spirituale, conversioni di potenti uomini senzadio. Fra' Gerolamo morì nel giorno di Pasqua del 1500. Si dice che il corpo, segnato da lunghi digiuni e da estese callosità per i supplizi fisici che si infliggeva per devozione e per penitenza, appena il buon frate passò a miglior vita fosse tornato levigato e privo di piaghe, ed avesse anche emanato un intenso profumo di fiori che sarebbe perdurato nell'ambiente per lungo tempo.

L'unità benedettina di San Pietro si scisse dopo il 1515. L'intero complesso monastico passò sotto l'amministrazione dei frati eremiti di Santa Maria della Gonzaga provenienti da Reggio Emilia. Poi venne affidato ai Camaldolesi del beato Paolo Giustiniani nel 1531 con bolla pontifica di papa Clemente VII. Vi rimasero fino al 1860 attraversando moltissime difficoltà, tra le quali l'incendio già ricordato del 1558, e le ordinanze di soppressione monastiche di Napoleone Bonaparte del 1797. La chiesa fu venduta all'asta dalla diocesi di Ancona e passò nelle mani di privati. Parte degli edifici del monastero e la chiesa stessa furono adibiti a stalla e ad ovile. Nel secondo dopoguerra la chiesa è passata nelle mani della parrocchia di Santa Palazia di Osimo. I recentissimi lavori di restauro hanno riportato il sacro edificio agli antichi splendori delle architetture romaniche ed alle atmosfere di santità per le quali, forse, era stato costruito tra le nebbie antiche del tempo.