Secondo la tradizione locale, la chiesa intitolata al culto di San Giovanni sarebbe stata edificata dopo l'anno 1130 per conservare e per proteggere dalle incursioni dei Mori un calice miracoloso, che la devozione popolare identificava con il Santo Graal.

Da documenti posteriori al 1135, si evince che la santa reliquia sarebbe stata condotta nella chiesa da certi signori della Catalogna.

Nel 1399 il calice venne ceduto dall'abate del monastero di San Juan a re Martino I, sovrano di Aragona, in cambio di una coppa d'oro massiccio e di due casse di monete mussulmane d'oro.

La stessa coppa fu infine deposta per volontà dei monarchi aragonesi nella cattedrale della città di Valencia, dove ancora oggi è conservata ed onorata come il vero Graal.

Agli inizi del quindicesimo secolo, iniziarono ad essere diffuse nel territorio leggende religiose che concernevano la storia romanzata, a tratti rocambolesca, della reliquia graalica e della chiesa di originaria provenienza.

In sostanza si narrava che San Pietro avesse portato a Roma il sacro calice dalla Terra Santa, che fosse stato successivamente conservato dal papa spagnolo Sisto II nella chiesa di San Lorenzo in Vaticano, e da qui il pontefice lo avrebbe fatto trasportare nella sua città natale di Huesca.

Le leggende tuttavia non menzionarono Giuseppe d'Arimatea come depositario del calice, né fu esplicito alcun collegamento tra la reliquia e il sangue di Cristo, come al contrario la tradizione graalica indica comunemente. Nello stesso periodo d'insorgenza dei racconti sul trasporto, per lo più orali, iniziò tuttavia ad essere adottata dai fedeli il nesso tra il calice della chiesa di san Juan de la Pena con il Santo Graal.

La convinzione si rafforzò forse per espressa volontà di re Alfonso V d'Aragona, il quale faceva scrivere ad un suo biografo di essere il protettore del “ …Grial de Valencia, nel quale Cristo consacrò il suo sangue la sera del giovedì dell'ultima cena…”

L'accostamento venne avviato anche con il libro intitolato “Livre de Gamaiel”, scritto dal vescovo martire catalano Pere Pasqual. La fonte del vescovo sarebbe stata una variante dell'apocrifo “Vangelo di Nicodemo”, scritto in lingua occitana, nel quale l'anonimo autore aveva inventato una nuova narrazione attribuita a Giuseppe d'Arimatea, a Nicodemo e a Gemaiele. La Chiesa adottò un atteggiamento di quiescenza.

Il silenzio delle autorità ecclasiastiche, in questo caso davvero eloquente, di fatto accreditava alla reliquia già presente nella misteriosa chiesa di San Juan un'identità che mai era stata la sua.