La chiesa, fatta costruire nei pressi dell'omonimo monastero benedettino intorno al 1230, merita un brevissimo cenno per le implicazioni che ebbe nell'origine delle prime logge massoniche scozzesi.

Le tradizioni locali sostengono che la chiesa fosse stata costruita per conservare i documenti segreti trovati dai cavalieri Templari nel corso degli scavi sotto la “Montagna del Tempio” a Gerusalemme.

Anche se questi racconti fanno parte dell'alone leggendario sorto intorno all'Ordine Templare e a questa chiesa, sembra invece accertato da documenti storici autentici che l'edificio fosse stato sede di una loggia massonica ante-litteram (“Loggia di Kilwinning”) già nel primo ventennio del quattordicesimo secolo.

Sarebbe stata fondata da sir Francis Steward, un lord pretendente del trono di Scozia, del Walles e di Inghilterra.

Michel de Ramsay sostenne che quella presente nell'abbazia di Kilwinning sarebbe stata l'unica loggia massonica sopravvissuta in Europa nel quattordicesimo e nel quindicesimo secolo.

La “società” di Kilwinning, stando a Ramsay, avrebbe fatto esplicito riferimento alle strutture simbolistiche e alle dottrine che si sarebbero collegate all'Ordine del Tempio. Secondo Ramsay, le logge massoniche di ispirazione templare avrebbero ripreso successivamente vitalità, per un rinnovato impulso culturale di Kilwinning, nella seconda metà del sedicesimo secolo.